Kudo Shinichi ist ein siebzehnjähriger Oberschülerdetektiv, den die Leute den "modernen Sherlock Holmes" nennen. Doch eines Nachts, nach einem Date mit seiner Jugendliebe Ran, wird Shinichi Zeuge eines illegalen Handels. Unvorbereitet wird er bewusstlos geschlagen und mit einem angeblich tödlichen Gift gefüttert... doch er wacht auf und stellt fest, dass er auf das Alter eines Siebenjährigen geschrumpft ist. Um die Männer zu finden, die ihm das angetan haben, verbirgt Shinichi seine Identität und lebt bei Ran, deren Vater ein hoffnungsloser Detektiv ist. Damit beginnt eine Reihe von Morden und Rätseln, die er lösen muss.