Die Handlung spielt in der fiktiven japanischen Stadt Sugomori. Eines Tages sagt Noriko Sonosaki zu ihrem Klassenkameraden Katsuhira Agata: „Du wurdest als Kiznaiver ausgewählt.“ Das Kizuna-System, das es Katsuhira ermöglicht, seine Wunden zu teilen, verbindet ihn mit Klassenkameraden, deren Leben und Persönlichkeiten sich völlig von seinem unterscheiden. Das Kizuna-System ist ein unvollständiges System zur Umsetzung des Weltfriedens, das Menschen durch Wunden verbindet. Alle, die mit diesem System verbunden sind, werden Kiznaiver genannt. Wenn ein Kiznaiver verletzt wird, teilt und überträgt das System die Wunde auf die anderen Kiznaiver. Sugomori City wurde auf aufgeschüttetem Land gebaut, doch mit den Jahren nimmt die Bevölkerung der Stadt ab. Die Geschichte spielt in dieser Stadt, in der Katsuhira und die anderen leben.