Die Geschichte von Chaos;Head spielt im Jahr 2009 in Shibuya und dreht sich um Takumi Nishijō, einen Schüler der privaten Suimei Academy, und die seltsamen und brutalen Morde, die kürzlich im Shibuya-Gebiet aufgetreten sind und als "New Generation" Madness bekannt sind. Die Geschichte beginnt am 28. September mit Takumi, der sich mit einem Online-Freund namens Grim unterhält. Grim versucht, Takumi über die jüngsten "New Generation"-Ereignisse auf den neuesten Stand zu bringen, da Takumi sich nicht für lokale oder internationale Nachrichten interessiert. Eine Person namens Shogun tritt mitten im Gespräch zwischen Grim und Takumi dem Chatraum bei. Nachdem Grim den Chatraum verlassen hat, beginnt Shōgun zu sprechen. Er spricht auf eine sehr kryptische und verwirrende Weise, was Takumi nervös macht. Dann schickt er Takumi eine Flut von Bildlinks, von denen einer eine brutale Ermordung eines Mannes zeigt, der mit Pfählen an eine Wand genagelt wird.