يحكي مسلسل "نينجا سينشي توبيكاجي" قصة فتى يدعى جو مايا. في يوم من الأيام، يشهد جو، الذي يعيش على المريخ، معركة بين كائنات فضائية. يهاجم سكان كوكب زابوم أميرة كوكب رادوريو، التي هربت من إمبراطور زابوم الذي يخطط لغزو الكون وقد تحطمت سفينتها على المريخ. يتعثر جو على متن سفينة الأميرة، وهذا يبدأ سلسلة من الأحداث التي ستغير حياتهم. يقود جو وأصدقاؤه ثلاثة وحوش ميكانيكية قوية ضد إمبراطور زابوم وقواته، لكن الاحتمالات تكون في غير صالحهم. عندما يبدو أن كل الأمل قد ضاع، يظهر روبوت نينجا غامض يدعى توبيكاجي وكأنه من العدم ليقدم المساعدة، وقادر على الاندماج مع الوحوش الميكانيكية الثلاثة يمنح توبيكاجي قوة لا مثيل لها، وبمساعدته يقاتل جو قوات زابوم...