في عالم مستقبلي، خاضت البشرية حربًا ضد سلالة من العمالقة تُعرف باسم "الزينترادي". في مواجهة الانقراض على يد أعدائهم، هربت البشرية إلى النجوم. في عام 2059 ميلادي، تقوم الأسطول الخامس والعشرون للهجرة العمالقة، المعروف أيضًا باسم "ماكروس فرونتيير"، برحلته نحو مركز المجرة. في معظم الأحيان، تسير الحياة على "ماكروس فرونتيير" بشكل طبيعي. ولكن عندما تزور المغنية الشهيرة شيريل نوم، تسوء الأمور. تظهر كائنات فضائية غامضة ميكانيكية حيوية تُعرف باسم "الفاجرا" وتهاجم، تمامًا عندما ينشغل المواطنون بالصخب حول شيريل. ينضم الطالب الطيار الآلي ألتو ساووتومي، البالغ من العمر 17 عامًا، إلى المعركة ضد التهديد الفضائي. أثناء القتال ضد "فاجرا"، ينقذ ألتو فتاة صغيرة تُدعى رانكا لي. يلاحظ الرائد أوزما لي مهارة ألتو خلال معركته، ويجنده في برنامج الخدمات العسكرية الاستراتيجية. لكن تجنيده لا يسير بسلاسة، حيث تظهر أشباح ماضي ألتو لتطارده.