Threat Matrix, her sabah ABD güvenliğine yönelik en büyük tehditleri belirleyen ve Başkan'a sunulan Tehdit Matrisi raporuna yanıt vermek üzere oluşturulmuş, son derece uzmanlaşmış, seçkin bir görev gücü hakkında bir saatlik bir dramadır. Ekibin görevi, uluslararası ve yurt içi tehditlere karşı ülkeyi güvende tutmak, terörün pek çok yüzü ve yaşam biçimimizi yok etmeye kararlı düşmanlarla savaşmalarına yardımcı olmak için birleşik uzmanlıklarını ve son teknoloji ürünlerini kullanmaktır. Threat Matrix, izleyicileri manşetlerin ötesine ve iç güvenlik dünyasına taşıyarak, iç güvenlik alanında neler yaptığımızı, neden yaptığımızı ve işe yarayıp yaramadığını dramatik bir şekilde anlatıyor. Bu birimin lideri Özel Ajan John Kilmer'dır. Eski bir FBI ajanı olan Kilmer, FBI, CIA ve NSA gibi kurumların teknik becerilerine, ateş gücüne ve uzman ajanlarına başvurma yetkisine sahiptir. Kilmer, Başkan'ın operasyon irtibat noktası olan Albay Roger Atkins'e rapor verir. Kilmer'ın eski eşi Özel Ajan Frankie Ellroy-Kilmer, son derece eğitimli bir sorgu uzmanı ve 'profilci' olup, becerileri en zorlu düşmanları bile çözmesini sağlar. Kilmer'ın ekibinin geri kalanı ise Mısırlı-Amerikalı eski CIA operatiflerinden Mo; eski bir FBI adli tıp uzmanı Lia "Lark" Larkin; Miami'den bir DEA ajanı Tim Serrano; ve dünyanın dört bir yanından telefon, faks ve radyo sinyallerini keserek ekibi en son NSA teknolojisiyle destekleyen Afrikalı-Amerikalı bir bilgisayar dehası Jelani'den oluşmaktadır.