Lisenin ilk gününde Haruhi Suzumiya adında güzel bir kız, "sıradan insanlarla ilgilenmediğini" söyleyerek kendini tanıtır. Herhangi bir uzaylı, zaman yolcusu, boyutlararası gezgin veya psişik varsa yanına katılmasını ister. Onun tuhaf davranışlarını izleyen ise Haruhi'nin önünde oturan ve onunla konuşan tek kişi olan Kyon'dur. Haruhi'nin okuldaki her kulübe katılıp sonra da ayrılmasına dair yorum yapan Kyon, farkında olmadan Haruhi'ye okul sonrası kendi kulübünü kurması için bir fikir verir. Bundan sonra Kyon ve diğerleri, kendilerini Haruhi Suzumiya'nın Dünyamızı Eğlenceyle Aşırı Yükleyerek Kurtarın Tugayı'na (kısaca S.O.S. Tugayı) kelimenin tam anlamıyla sürüklenmiş bulurlar.