Shōgun, 1600 yılında, yüzyıla damgasını vuracak bir iç savaşın şafağında Japonya'da geçiyor. Lord Yoshii Toranaga, Regency Konseyi'ndeki düşmanları ona karşı birleşirken hayatı için mücadele ediyor ve bu sırada yakındaki bir balıkçı köyünde gizemli bir Avrupalı gemisi karaya oturmuş halde bulunuyor.