Prime Target, büyük bir çığır açmanın eşiğindeki parlak genç matematik yüksek lisans öğrencisi Edward Brooks'u konu alıyor. Asal sayılarda bir örüntü bulmayı başarırsa, dünyadaki her bilgisayarın anahtarına sahip olacak. Kısa süre sonra, henüz doğmadan fikrini yok etmeye çalışan görünmez bir düşmanın farkına varmaya başlar ve bu durum onu, matematikçinin davranışlarını izlemek ve raporlamakla görevlendirilmiş bir kadın NSA ajanı Taylah Sanders'ın yörüngesine sokar. Birlikte, Edward'ın merkezinde olduğu rahatsız edici komployu çözmeye başlarlar.