Persona -trinity soul-, Persona 3'ün sonundan on yıl sonra geçmektedir. Japon Denizi yakınlarında bulunan Ayanagi Şehri'nde geçen hikayede, polis teşkilatı Apathy Syndrome adlı gizemli bir hastalığı içeren birkaç vakayı araştırmaya başlar. Krizin ortasında, Shin ve Jun Kanzato adında iki kardeş, Ayanagi Şehri Polis Departmanı'nın şimdiki Emniyet Müdürü olan ağabeyleri Ryō'yu görmek için Ayanagi'ye geri dönerler. Üç kardeşin birbirlerini görmeyeli on yıl olmuştur.