Kiraz çiçeklerinin döküldüğü bahar aylarında, Yū Narukami, ailesinin durumu nedeniyle amcası ve kuzeniyle yaşamak üzere Yaso Inaba'ya taşınır. Yasogami Lisesi'ne nakil olur ve olaylarla dolu okul hayatı başlar. Ancak, huzurlu kasabada seri cinayetler işlenmeye başlayınca, Yū'nun kalbinin fiziksel bir forma dönüşmüş gücü: Bir Persona uyanır. Bu yeni gizemlerin arasında, geçmişine dair hiçbir anısı olmayan, Kadife Oda'nın alternatif dünyasının bir sakini olan Marie de vardır. Yū, arkadaşlarıyla birlikte önündeki tüm bilmeceleri çözmeli ve Yaso Inaba'yı daha fazla şiddetten kurtarmalıdır.