"Modern Sherlock Holmes" olarak anılan Kudo Shinichi, on yedi yaşında bir lise dedektifidir. Ancak bir gece çocukluk aşkı Ran ile çıktığı randevunun ardından Shinichi, yasa dışı bir ticarete tanık olur ve hazırlıksız yakalanıp bayıltıldıktan sonra kendisine ölümcül olduğu düşünülen bir ilaç verilir... ama uyandığında kendini yedi yaşında bir çocuğa dönüşmüş olarak bulur. Kendisine bunu yapan adamları bulmak için Shinichi kimliğini gizler ve babası beceriksiz bir dedektif olan Ran ile yaşamaya başlar. Bu durum, çözmesi gereken bir dizi cinayet ve gizemi de beraberinde getirir.