İkinci Dünya Savaşı'nın arifesinde, 1937 yılında geçen hikaye, "D Ajansı" olarak bilinen gizemli bir casusluk eğitim organizasyonunu konu alıyor. Organizasyon, İmparatorluk Japon Ordusu'ndan Yarbay Yuuki tarafından kurulmuştur. İdealleri onu, askeri akademi mezunları ve personeli dışından da insanları işe almaya ve onları manipülasyon sanatlarında yetenekli ajanlar olarak eğitmeye yönlendirir. Bu ajanlar, operasyonlar yürütmek üzere uzmanlaşmış bir ekip haline gelecektir. Jirou Gamou adıyla bilinen böyle bir anti-kahraman ajan, kendi saflarından hem de dışarıdan gelen güçlerle savaşırken, "Kara Notlar" adlı gizli belgeleri ortaya çıkarmak için zorlu bir göreve çıkar.