Gosick, 1924 yılında, kurgusal küçük bir Avrupa ülkesi olan Sauville'de geçmektedir. Hikaye, Japon İmparatorluk askerinin üçüncü oğlu olan ve şehir efsaneleri ile korku hikayelerinin revaçta olduğu St. Marguerite Akademisi'ne transfer olan Kazuya Kujo'ya odaklanıyor. Orada, derslere hiç gelmeyip günlerini kütüphanenin tamamını okuyarak veya dedektiflerin bile çözemediği gizemleri çözerek geçiren gizemli, güzel ve zeki bir kız olan Victorique ile tanışır.