Makoto Mizuhara, okulun fen laboratuvarında en son deneyini üzerinde çalışmaktadır. Ancak bir mola verdiğinde, hayat boyu rakibi Katsuhiko Jinnai ortaya çıkar ve cihazı yok etmeye, Makoto'nun itibarını zedelemeye çalışır. Bu durum, deneyi aşırı yükler ve Makoto, Jinnai, kız kardeşi Nanami ve öğretmenleri Bay Fujisawa'yı garip ve muhteşem El Hazard dünyasına ışınlar. Makoto ve Fujisawa, doğrudan Roshtaria Krallığı'na iner ve hızla prenses Rune Venus ile arkadaş olurlar. Jinnai, El Hazard'ı ele geçirmeye çalışan dev böceklerden oluşan Bugrom ırkıyla ittifak kurarken, kız kardeşi çölde kendi geçimini sağlamaya çalışır. Makoto, eve dönmenin bir yolunu çaresizce ararken, bir yandan Bugrom'larla savaşır, Kutsal Rahibelerin yardımını alır ve iblis tanrı Ifurita'nın her şeyi yok etmesini engellemeye çalışır.