Gizli bir hükümet planı, tarihi figürleri kazıp klonlamayı başardı. 16 yıl sonra, klonlar artık liseye gidiyor. Beş ana karakterimiz, her yönüyle iyi kalpli ama saf Abe Lincoln, okulun gözdesi Cleopatra'ya aşık olan, macho JFK ile birlikte olan bir genç. Ayrıca, Abe'nin en iyi iki arkadaşı, ona aşık olan, içsel çatışmalarla dolu bir gotik kız olan Joan of Arc ve durmaksızın parti yapan Gandhi. Clone High, uyku yoksunluğu, tuvalet klozetlerinden ADD kapma, çöplüğün kötülükleri ve hoşlandığın kişinin seni aynı şekilde sevmemesi gibi zorlu ergen sorunlarını cesurca ele alıyor. Abe, Cleo ile bir araya gelecek mi yoksa yakışıklı JFK tarafından engellenecek mi? Joan, nihayet Abe'nin dikkatini çekebilecek mi? Bunu kim bilebilir?