Chaos;Head'ın hikayesi 2009 yılında Shibuya'da geçmektedir ve özel Suimei Akademisi'nde bir lise öğrencisi olan Takumi Nishijō ile Shibuya bölgesinde "Yeni Nesil" Deliliği olarak bilinen tuhaf ve vahşi cinayetler etrafında dönmektedir. Hikaye, 28 Eylül'de Takumi'nin Grim adında bir çevrimiçi arkadaşıyla konuşmasıyla başlar. Takumi yerel veya uluslararası haberlerle ilgilenmediği için Grim, onu son "Yeni Nesil" olayları hakkında bilgilendirmeye çalışır. Grim ve Takumi sohbet ederken Shogun adında biri sohbet odasına katılır. Grim sohbet odasından ayrıldıktan sonra Shōgun konuşmaya başlar. Çok şifreli ve kafa karıştırıcı bir şekilde konuşur, bu da Takumi'yi gerginleştirir. Ardından Takumi'ye bir dizi resim bağlantısı gönderir, bunlardan biri bir adamın kazıklara çivilenerek duvara sabitlendiği vahşi bir cinayet görüntüsüne benzemektedir.