Dünya, gizli bir örgüt olan Chronos tarafından gizlice kontrol edilmektedir. Bu gizemli örgütün emrinde, sözde barışı korumak için belirli hedefleri gizlice ortadan kaldırma emirleri alan güçlü suikastçılardan oluşan Chronos Sayıları bulunmaktadır. En güçlülerinden biri, Kara Kedi olarak da bilinen XIII Numaralı Train Heartnet'tir. Başlangıçta acımasız bir katil gibi görünse de, bir Sweeper kızla tanışması onu tamamen değiştirmiştir. Şimdi bir Sweeper olarak Train, suçluları avlamak için ortağı Sven Vollfield ile birlikte seyahat etmektedir.