Projekat Plava knjiga zasnovan je na istinitim, tajnim istraživanjima NLO-a (neidentifikovanih letećih objekata) i srodnih fenomena koje je sprovela Ratna avijacija Sjedinjenih Država od 1952. do 1969. godine. Dr. J. Allen Hynek, brilijantan, ali nedovoljno cenjen univerzitetski profesor, biva regrutovan od strane Ratne avijacije SAD da predvodi tajnu operaciju pod nazivom Projekat Plava knjiga. Zajedno sa svojim partnerom, šarmantnim kapetanom Ratne avijacije Majklom Kvinom, biva pozvan da istražuje viđenja NLO-a širom zemlje i koristi nauku kako bi otkrio šta se zaista dogodilo. Međutim, kada se neka viđenja ne mogu objasniti i slučajevi ostanu nerešeni, Hajnek počinje da sumnja da ga je vlada prevarila u veću zaveru radi prikrivanja istine.