Postavljen dve generacije pre uništenja Supermanove matične planete, Krypton prati Seg-Ela, legendarnog dedu Čoveka od čelika—čija je Kuća El bila ostracizovana i osramoćena. Sa vođstvom Kryptona u rasulu, Seg-El se susreće sa zemaljskim putnikom kroz vreme Adamom Strangeom koji ga upozorava da ima malo vremena da spasi svoj voljeni svet od haosa. Boreći se da povrati čast svoje porodice i zaštiti one koje voli, Seg se takođe suočava sa sukobom života i smrti—da spasi svoju matičnu planetu ili da je pusti da bude uništena kako bi povratio sudbinu svog budućeg unuka.