Priča Chaos;Head smeštena je u Šibuja 2009. godine i fokusira se na Takumija Nišidžoa, srednjoškolca u privatnoj akademiji Suimei, i na čudna i brutalna ubistva koja su se nedavno dogodila u oblasti Šibuja, poznata kao ludilo "Nove generacije". Priča počinje 28. septembra, kada Takumi razgovara sa onlajn prijateljem po imenu Grim. Grim pokušava da Takumija obavesti o nedavnim događajima Nove generacije, pošto Takumi nije zainteresovan za lokalne ili međunarodne vesti. Osoba po imenu Šogun pridružuje se čet sobi usred Grimovog i Takumijevog razgovora. Nakon što Grim napusti čet sobu, Šogun počinje da govori. Govori na veoma zagonetan i zbunjujući način, ostavljajući Takumija nervoznim. Zatim Takumiju šalje bujicu linkova sa slikama, od kojih jedna izgleda kao brutalno ubistvo čoveka prikovanog za zid kolcima.