Юный Юги Муто разгадывает древнеегипетскую головоломку и высвобождает своего темного и могущественного альтер-эго. Каждый раз, когда ему и его друзьям угрожает зло, это альтер-эго вырывается из оков Тысячелетнего кулона и бросает злодеев в Теневые игры: ситуации жизни и смерти, которые проверяют истинную природу человека. Проигравшие или обманщики страдают от серьезных наказаний, которые приводят к потере рассудка или даже жизни. Вместе со своими друзьями Джоуи, Тристаном, Теей и Михо, Юги и его темный двойник противостоят таким врагам, как Сето Кайба: безжалостный чемпион игры в карты "Дуэльные монстры"; и Рё Бакура, владеющий Тысячелетним кольцом, в котором заключен дух более жестокий, чем Ями Юги. Смогут ли Юги и его друзья преуспеть, или они потеряют свои души?