Легенда гласит, что загадочная Тысячелетняя Головоломка исполнит одно желание тому, кто разгадает ее древние тайны. Решив ее, старшеклассник Юги Муто высвобождает «другого Юги» — странное присутствие, заключенное внутри. Теперь, когда он сталкивается с дилеммой, этот таинственный альтер-эго появляется и помогает ему в его бедах. Желая разгадать тайну этого странного духа, Юги и его компаньоны оказываются втянутыми в соревнование с несколькими противниками в «Участь Монстров» — сложной карточной игре, которую используют люди, стремящиеся украсть Тысячелетнюю Головоломку в отчаянной попытке использовать заключенную в ней великую силу. По мере того, как вопросы накапливаются, вскоре они понимают, что на кону в этих дуэлях стоит нечто большее, чем просто гордость.