"Матрица угроз" — это часовая драма о высокоспециализированной элитной оперативной группе, созданной для реагирования на отчет "Матрица угроз" — документ, который каждое утро представляется Президенту и определяет главные текущие угрозы безопасности США. Миссия команды — защищать страну от международных и внутренних угроз, используя свой совокупный опыт и передовые технологии, чтобы помочь им бороться с многоликим террором и врагами, стремящимися уничтожить наш образ жизни. "Матрица угроз" погружает зрителей за кулисы новостей и в мир национальной безопасности, драматизируя то, что мы делаем в сфере национальной безопасности, почему мы это делаем и работает ли это. Руководителем этого подразделения является специальный агент Джон Килмер. Этот бывший агент ФБР имеет разрешение Белого дома на привлечение технических навыков, огневой мощи и специалистов из ФБР, ЦРУ и АНБ, среди прочих. Килмер подчиняется полковнику Роджеру Аткинсу, оперативному связному Президента. Бывшая жена Килмера, специальный агент Фрэнки Элрой-Килмер, — высококвалифицированный эксперт по допросам и "профайлер", чьи навыки позволяют ей справляться с самыми стойкими врагами. В команду Килмера также входят: Мо, египетско-американский бывший оперативник ЦРУ; Лиа "Ларк" Ларкин, бывший специалист ФБР по криминалистике; Тим Серрано, агент Управления по борьбе с наркотиками из Майами; и Джелaни, афроамериканский гений компьютерных технологий, который перехватывает телефонные, факсимильные и радиосигналы со всего мира и поддерживает команду новейшими технологиями АНБ.