«Миссия Т» — это теневая война шпионов и секретных служб, ведущаяся ради предотвращения гибели мира. История рассказывает о Ботан Негоро, которая с детства обучалась как ниндзя и выросла в талантливого шпиона. Она объединяется с Курумой, шпионом с театральным талантом, для выполнения новой миссии, от которой зависит судьба мира: вернуть «Кристалл Теслы», «наследие» гениального сербско-американского изобретателя Николы Теслы. Но другие страны и их агенты уже действуют, чтобы заполучить «Кристалл Теслы», и Ботан с Курумой придется использовать всю свою смекалку, чтобы перехитрить их.