Лео, Донни, Рафа и Майки — мутировавшие черепахи, которые были обучены искусству ниндзюцу своим крысиным учителем, Мастером Сплинтером. Выходя из своего канализационного логова, братья-рептилии сталкиваются с удивительным миром Нью-Йорка, встречая злодеев более опасных и пиццу более вкусную, чем они могли себе представить. В боях с Шреддером, Краангом и множеством суперсильных мутантов черепахи учатся полагаться на себя и друг на друга, становясь теми героями, которыми они предназначены быть.