В первый день старшей школы прекрасная девушка по имени Харухи Судзумия представляет себя, заявляя, что "обычные люди ее не интересуют". Она призывает присоединиться к ней всех пришельцев, путешественников во времени, слайдеров или эсперов. За ее странным поведением наблюдает Кион, мальчик, сидящий перед Харухи и единственный, кто с ней разговаривает. Комментируя то, как Харухи вступает в каждый клуб в школе, а затем уходит, Кион ненароком подает Харухи идею основать собственный внеклассный клуб. С этого момента Кион и несколько других персонажей оказываются буквально втянутыми в "Бригаду Судзумии Харухи по спасению нашего мира путем перегрузки его весельем" (сокращенно Бригада С.О.С.).