Действие сериала «Шпионы» разворачивается в современном Берлине. Нора, молодая женщина, приходит в себя после комы без каких-либо воспоминаний о прошлой жизни, приняв таинственный наркотик. Местный детектив полиции Дэвид Леонхарт и его напарница Ник Навар расследуют этот наркотик в связи с десятками пропавших подростков. Когда Нора отправляется на поиски правды о том, что с ней произошло, она начинает раскрывать заговор пришельцев, которые используют синтетический наркотик, чтобы проникнуть в людей и использовать их в качестве тел-носителей. Чем больше правды раскрывает Нора, тем больше раскрывается ее собственный темный секрет: она — ключ к вторжению, с которым она борется.