После того, как его голландское торговое судно «Эразм» и его выживший экипаж выбрасывает штормом на берег в Индзиро на восточном побережье Японии, пилот-майор Джон Блэкторн, английский штурман корабля, попадает в плен к самураям. Когда его позже временно освобождают, он вынужден совмещать свою самоидентичность англичанина, связанного с другими европейцами в Японии, а именно с португальскими торговцами и иезуитскими священниками, с чуждой японской культурой, в которую он был брошен и к которой теперь должен приспособиться, чтобы выжить. Будучи англичанином, Блэкторн находится в религиозном и политическом противостоянии со своим врагом, португальцами, и иезуитским орденом Католической церкви. Католическое присутствие в Японии ставит Блэкторна, протестанта и, следовательно, еретика, в политически невыгодное положение. Но эта же ситуация привлекает внимание влиятельного Лорда Торанаги, который не доверяет этой иностранной религии, распространяющейся в Японии. Он соперничает с другими самураями-полководцами такого же знатного происхождения, среди которых есть и обращенные в католичество, за очень влиятельную должность Сёгуна, военного правителя Японии.