Кайл ИКС — это невероятная загадка о подростке без прошлого. Сериал рассказывает о удивительном путешествии Кайла, 16-летнего подростка-одарённого, которому не хватает инстинктивного человеческого поведения, такого как гнев, радость и любовь, и о семье, которая его нашла. После того как он вышел из леса и оказался на дороге, Кайла отправляют в центр временного содержания для несовершеннолетних, где он впервые сталкивается с опытом еды и человеческого взаимодействия: не всё из этого дружелюбно. В центре понимают, что Кайл не похож на обычного подростка, особенно когда обнаруживают, что у него нет пупка. С вопросами «Кто этот парень?» и «Откуда он пришёл?» психологу Николь Трейгер поручают помочь получить необходимые ответы.