Действие разворачивается в 1937 году, накануне Второй мировой войны. В центре сюжета — таинственная шпионская организация под названием «Агентство D». Организация была основана подполковником Юки из Императорской японской армии. Его идеалы побудили его набирать в организацию людей не только из выпускников военных академий и военнослужащих, но и обучать их искусству манипуляции, превращая в искусных агентов. Эти агенты должны были стать специализированной командой для проведения операций. Один из таких антигероев, под именем Дзиро Гамо, отправляется в опасную миссию по раскрытию секретных документов под названием «Черные записи», сражаясь с противниками как извне, так и внутри собственных рядов.