Джейк 2.0 рассказывает о компьютерном технике НСА Джейке Фоли, который превращается в секретного агента после того, как случайно заражается наноботами, основанными на нанотехнологиях, уменьшающих размер компьютера до молекулярного уровня, что наделяет его сверхчеловеческими способностями. С новыми способностями он может взламывать любые электронные устройства и управлять ими. Его медицинское и эмоциональное состояние тщательно контролируется доктором Дианой Хьюз, которая слишком человечна для своей работы в НСА. Сталкиваясь с трудностями на первых заданиях в НСА, Джейку необходимо доказать свою ценность и добиться результатов, иначе его могут запереть для "исследований".