Действие происходит в параллельном мире Fate/stay night, где Великий Грааль таинственным образом исчез из Фуюки после Третьей Святой Войны за Грааль. Спустя много лет молчания, примерно в то же время, когда должна была состояться Пятая Святая Война за Грааль, семья магов Иггдмилления открыто заявляет о своем выходе из Ассоциации Магов и о том, что они владеют Граалем. Ассоциация отправляет пятьдесят магов, чтобы вернуть его, но все, кроме одного, мгновенно погибают от рук таинственного Слуги. Единственному выжившему удается активировать резервную систему Великого Грааля, что позволяет призвать четырнадцать Слуг. В городе Трифас две фракции будут сражаться за контроль над священной реликвией, каждая из которых имеет свою команду из семи Слуг: Черная Фракция, члены которой входят в Иггдмилления и защищают Грааль, и Красная Фракция, члены которой были отправлены Ассоциацией Магов и пытаются вернуть Грааль. Для события такого масштаба сам Грааль призывает своего собственного Слугу, святого Правителя, чтобы наблюдать за конфликтом. Это знаменует начало Великой Святой Войны за Грааль.