Threat Matrix é um drama de uma hora sobre uma força-tarefa de elite altamente especializada, criada para responder ao relatório Threat Matrix, um documento apresentado ao Presidente todas as manhãs, identificando as maiores ameaças atuais à segurança dos EUA. A missão da equipe é manter o país seguro contra ameaças internacionais e domésticas, usando sua expertise combinada e tecnologia de ponta para ajudá-los a combater as muitas faces do terror e inimigos determinados a destruir nosso modo de vida. Levando o público para trás das manchetes e para o mundo da segurança interna, Threat Matrix dramatiza o que estamos fazendo no mundo da segurança interna, por que estamos fazendo e se está funcionando ou não. O líder desta unidade é o Agente Especial John Kilmer. Este ex-agente do FBI tem autorização da Casa Branca para convocar as habilidades técnicas, poder de fogo e os agentes especialistas do FBI, CIA e NSA, entre outros. Kilmer se reporta ao Coronel Roger Atkins, o oficial de ligação de operações com o Presidente. A ex-esposa de Kilmer, a Agente Especial Frankie Ellroy-Kilmer, é uma especialista em interrogatório e 'profiler' altamente treinada cujas habilidades permitem que ela desvende os inimigos mais endurecidos. O restante da equipe de Kilmer inclui Mo, o ex-agente da CIA egípcio-americano; Lia "Lark" Larkin, uma ex-especialista forense do FBI; Tim Serrano, um agente da DEA de Miami; e Jelani, um gênio da computação afro-americano que intercepta sinais de telefone, fax e rádio de todo o mundo e apoia a equipe com a mais recente tecnologia da NSA.