"Missão T" é uma guerra nas sombras de espiões e inteligência secreta travada para impedir a destruição do mundo. A história acompanha Botan Negoro, que treinou como ninja desde a infância e se tornou uma espiã talentosa. Ela se une a Kuruma, um espião com um talento para o teatral, em uma nova missão com o mundo em jogo: recuperar o "Cristal Tesla", o "legado" do gênio inventor sérvio-americano Nikola Tesla. Mas outros países e seus agentes já estão agindo para garantir o Cristal Tesla, e Botan e Kuruma terão que usar toda a sua astúcia para superá-los.