Em 1999, uma nave alienígena cai na Ilha Sul Atalia. Os humanos então descobrem que não estão sozinhos no espaço. Dez anos depois, a nave foi reconstruída e batizada de SDF-1 Macross. No entanto, no dia de seu lançamento, uma espécie chamada Zentraedi chega à Terra, dando início à guerra entre a UN Spacy e os Zentraedi, que mudará para sempre a história dessas duas espécies.