Kazamatsuri, uma cidade moderna e bem desenvolvida, renomada por sua crescente vegetação e rica cultura japonesa, é o lar de Kotarou Tennouji, um estudante do ensino médio que menos se importa com os valores compartilhados do lugar. Contentando-se em encher seus bolsos com frivolidades, o garoto orgulhoso e intrometido passa o tempo importunando o autoproclamado delinquente Haruhiko e cedendo aos seus sentimentos amorosos pela excêntrica Kotori. Equipado com a habilidade sobre-humana de reescrever permanentemente qualquer parte de seu corpo para multiplicar sua força ou velocidade, Kotarou é naturalmente atraído pelo sobrenatural. Um encontro especial com a única integrante e presidente do Clube de Pesquisa Oculta, a "Bruxa" Akane Senri, leva Kotarou a reviver o Clube Oculto, recrutando Kotori e mais três membros: a desajeitada estudante transferida Chihaya, a rigorosa representante de classe Lucia e a discreta Shizuru. À medida que Kotarou desvenda segredos ocultos de cada membro do Clube Oculto através de suas aventuras compartilhadas, ele inevitavelmente encontrará um destino que só ele poderá reescrever.