Num mundo onde o tempo passa a passo de lesma e o sangue do seu vizinho corre azul, o estudante do ensino secundário Ayato Kamina, de 17 anos, vive o seu dia a dia em Tóquio Júpiter, alheio ao mundo à sua volta, tendo sido educado com o facto de que toda a civilização, exceto Tóquio, foi destruída. Mas tudo isso muda quando a misteriosa civilização "MU" invade a sua casa, chovendo destruição do céu na forma de monstros estranhos chamados Dolems. Os eventos que se seguem levarão Ayato à misteriosa mulher chamada Reika Mishima, à verdade da sua existência, à descoberta do que e quem ele é, e ao poderoso robô angelical RahXephon.