Persona -trinity soul- se passa dez anos após o fim de Persona 3. A história se desenrola na Cidade de Ayanagi, localizada perto do Mar do Japão, onde a força policial começa a investigar vários casos envolvendo uma misteriosa doença chamada Síndrome da Apatia. Em meio à crise, dois irmãos, Shin e Jun Kanzato, retornam a Ayanagi para reencontrar seu irmão mais velho, Ryō, que agora é o Superintendente da Polícia da Cidade de Ayanagi. Já se passaram dez anos desde que os três irmãos se viram pela última vez.