Na primavera, quando as pétalas das cerejeiras caem, Yū Narukami muda-se para Yaso Inaba para viver com o seu tio e prima, devido às circunstâncias familiares. Ele transfere-se para a Yasogami High School, onde a sua vida escolar repleta de eventos começa. No entanto, quando assassinatos em série começam a ocorrer na pacata cidade, Yū desperta para o poder do seu coração transformado em forma física: um Persona. Dentro destes novos mistérios encontra-se Marie, uma residente do mundo alternativo, o Velvet Room, que não tem memórias do seu passado. Juntamente com os seus amigos, Yū deve resolver todos os enigmas que lhe são apresentados e salvar Yaso Inaba de mais violência.