Ambientada no ano de 2199, Pandora conta a história de uma jovem engenhosa que perdeu tudo, mas encontra uma nova vida na Academia de Treinamento Espacial da Terra, onde ela e seus amigos aprendem a defender a galáxia de ameaças, tanto alienígenas quanto humanas. Quando segredos sobre a natureza de sua própria identidade começam a vir à tona, ela deve descobrir a verdade e se será a salvadora da humanidade ou o instrumento de sua destruição.