A Academia Waldstein é um instituto dedicado a estudos sobre disciplinas paranormais, tornando-se assim conhecida como a Academia Oculta. Maya Kumashiro retorna a este lugar para assistir ao funeral do ex-diretor, Junichiro Kumashiro, seu pai. Maya, uma cética que odeia o ocultismo, conhece Fumiaki Uchida, um agente do tempo do futuro enviado a 1999 para impedir que as apocalípticas Profecias de Nostradamus aconteçam. As previsões afirmam que a escola será o epicentro do cataclismo que destruirá o mundo. Eles devem se unir para descobrir não apenas o que realmente levou à morte de seu pai, mas também têm tempo limitado para descobrir qual é a chave que desencadeia o início do fim.