Ninja Senshi Tobikage conta a história de um garoto chamado Joe Maya. Um dia, Joe, que vive em Marte, testemunha uma batalha entre alienígenas. Os do Planeta Zaboom estão atacando a princesa do Planeta Radorio, que escapou do imperador de Zaboom, que planeja conquistar o universo e caiu em Marte. Joe tropeça na nave da princesa, e isso inicia uma reação em cadeia de eventos que alterará suas vidas. Joe e seus amigos empunham três poderosas bestas mecha contra o imperador de Zaboom e suas forças, mas as probabilidades estão fortemente contra eles. Quando toda a esperança parece perdida, um misterioso robô ninja chamado Tobikage aparece como que do nada para oferecer assistência, capaz de se combinar com as 3 bestas mecânicas, o que confere a Tobikage um poder incomparável. Com sua ajuda, Joe luta contra as forças de Zaboom...