Kudo Shinichi é um detetive de ensino médio de dezessete anos, a quem as pessoas chamam de "Sherlock Holmes Moderno". No entanto, numa noite após um encontro com sua paixão de infância, Ran, Shinichi testemunhou um comércio ilegal e, pego de surpresa, foi nocauteado e drogado com uma substância que deveria matá-lo... mas ele acordou e se viu encolhido para sete anos de idade. Para rastrear os homens que fizeram isso com ele, Shinichi escondeu sua identidade e foi morar com Ran, cujo pai era um detetive sem esperança, e com isso veio uma série de assassinatos e mistérios que ele deve resolver.