A deslumbrante e incomparável presidente do conselho estudantil, Medaka Kurokami, resolve os problemas de todos! Medaka Kurokami, que acaba de se tornar a 98ª presidente do conselho estudantil da Sandbox Academy, instala uma caixa de sugestões como prometido em sua campanha eleitoral. "Seus sonhos pertencem a você. Vá atrás deles e realize-os você mesma. Suas preocupações, no entanto, pertencem a mim. Mandem todas para cá!!" Enquanto Medaka resolve os problemas de seus colegas estudantes junto com seu amigo de infância, Zenkichi Hitoyoshi, sua caixa de sugestões, apelidada de Medaka Box, ganha grande popularidade entre os alunos.