No ano de 2067, oito anos após os eventos em Macross Frontier, uma nova e mortal doença, a "Síndrome Var", ameaça a galáxia. A Unidade Tática Musical, "Walkure", sob a proteção da Valkyrie "Delta Team", une forças para combater essa nova ameaça. Durante um surto da Síndrome Var, a unidade Walkure é subitamente atacada pela misteriosa Valkyrie Team "Aerial Knight" do Reino do Vento, cuja motivação permanece um mistério...