Lamune conta a história de um garoto chamado Kenji e sua amiga de infância Nanami. Embora todos pareçam saber que eles têm um relacionamento, nenhum dos dois está determinado a ir além de amigos próximos. A história se desenrola através de flashbacks, explicando por que eles são amigos tão próximos e como nenhuma ação parece afastá-los, mas sim aproximá-los.