A história de Kotetsushin Jeeg se passa cinquenta anos após a original e apresenta um novo elenco de personagens - principalmente o novo protagonista Kenji Kusanagi, um estudante do ensino médio e piloto de moto que se torna Kotetsushin Jeeg para lutar contra o súbito reaparecimento dos (Deuses Fantasmas Haniwa, ou robôs de argila) do Império Jamada, governado pela Rainha Himika.