Ambientada em 1937, na véspera da Segunda Guerra Mundial, a história envolve uma misteriosa organização de treinamento de espiões conhecida como "Agência D". A organização é estabelecida pelo Tenente-Coronel Yuuki, do Exército Imperial Japonês. Seus ideais o levam a recrutar pessoas além de graduados e pessoal da academia militar, enquanto os treina para se tornarem agentes habilidosos nas artes da manipulação. Esses agentes se tornariam uma equipe especializada para conduzir operações. Um desses agentes anti-heróis, sob o nome de Jirou Gamou, embarca em uma missão angustiante para descobrir documentos secretos intitulados "Black Notes", enquanto luta contra forças de dentro e de fora de suas próprias fileiras.