A Major Motoko Kusanagi é uma bela, mas mortal, ciborgue que é a líder da Seção 9 - a unidade clandestina do governo japonês designada para combater o terrorismo e a guerra cibernética. Cercada por uma equipe altamente treinada, Motoko enfrenta seu maior desafio - o Homem Risonho - um terrorista que orquestrou um sequestro e um plano de extorsão muitos anos atrás e que de repente reapareceu. Para descobrir a identidade desse criminoso enigmático, Motoko e a Seção 9 são puxados para um labirinto mortal e terão que usar toda a sua expertise para sobreviver.